ในปี ๒๕๖๑ มหาวิทยาลัยศิลปากร ประกอบด้วย ๑๓ คณะ ๑ บัณฑิตวิทยาลัย และ ๑ วิทยาลัย มีสาขาวิชาครอบคลุมทั้งศิลปะการออกแบบ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี วิทยาศาสตร์สุขภาพ สังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมีทั้งหมด ๕ วิทยาเขต
คณะวิชา และวิทยาลัย
- คณะจิตรกรรมประติมากรรมและภาพพิมพ์
- คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์
- คณะโบราณคดี
- คณะมัณฑนศิลป์
- คณะอักษรศาสตร์
- คณะศึกษาศาสตร์
- คณะวิทยาศาสตร์
- คณะเภสัชศาสตร์
- คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
- คณะดุริยางคศาสตร์
- คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร
- คณะวิทยาการจัดการ
- คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
- วิทยาลัยนานาชาติ
- บัณฑิตวิทยาลัย